Si bien desde 1910 se vienen realizando importantes descubrimientos arqueológicos, no fue hasta 1992 cuando Atapuerca comenzaría a adquirir la fama por la que se la conoce en la actualidad. En aquel año se encontrarían, en la conocida como Sima de los Huesos, diversos restos de un valor incalculable, entre ellos, el primer cráneo completo del Pleistoceno Medio (hace 780.000 años y 127.000 años), el más entero y mejor conservado de todos los hallados en el mundo, perteneciente a un niño de apenas catorce años. Dos años después, en la excavación conocida como Gran Dolina, en su nivel 6, se descubrieron los restos de homínidos más antiguos de Europa, de más de 780.000 años, los cuales habían sido víctimas de prácticas antropófagas. No se sabe por qué lo hacían, pero se puede afirmar que los primeros europeos fueron caníbales.

En los dos años siguientes, el nivel 6 siguió proporcionando más fósiles humanos. Particularmente importante resultó el “Niño de Gran Dolina”, una serie de restos de un individuo de unos once años, con algunos rasgos más "modernos", en particular su cara, aunque con unos dientes y una frente más primitivos. En 1997, debido a esta peculiar morfología, el equipo principal de científicos, compuesto por José Bermúdez de Castro, Juan Luis Arsuaga, Eudald Carbonell, Antonio Rosas, Ignacio Martínez y Marina Mosquera creaba la especie “Homo antecesor”, cuyo nombre significa el que va delante, el pionero. Aunque hay quien no está de acuerdo con esta interpretación, para los paleoantropólogos de Atapuerca el Homo Antecessor sería antepasado nuestro y de los Homo neanderthalensis, los famosos Neandertales, la otra especie humana que convivió con nuestros antepasados y cuyos últimos rastros, de hace unos 30.000 años, se encontraron en el sur de España. Por su parte, los humanos de la Sima han sido clasificados dentro de la especie Homo Heidelbergensis, nombre dado en honor a una mandíbula encontrada en Mauer, Alemania, una forma de homínido que vivió en Europa entre hace algo más de 500.000 y 200.000 años, intermedia entre el Antecessor y el Neardental.

Esta última especie, el Homo Ergaster, es la candidata a ser considerada como antepasada de los europeos, y es aquí donde entra en juego la importancia de Atapuerca. El Homo Ergaster aparece sobre todo en los alrededores del lago africano de Turkana, en Kenya. Uno de los fósiles de Homo Ergaster más representativo es un esqueleto casi completo de un adolescente de unos 10 años de edad, conocido como Niño del Turkana, de más de 1,5 millones de años de antigüedad. Su estatura es muy grande (1,60 metros que significarían en el adulto cerca de 1,80), la forma de su cuerpo es plenamente humana y su cerebro también es grande.

El Homo Antecesor, encontrado en la Gran Dolina de Atapuerca, era alto, fuerte y de pequeño cerebro, pero con una cara muy similar a la nuestra, es decir, con un aspecto más “moderno” que otros grupos humanos más recientes o próximos en el tiempo. Según Arsuaga, “Atapuerca nos descubre unos ancestros más inteligentes y menos instintivos, más cazadores, dotados de una mente más simbólica y poseedores de una tecnología más compleja de la que cabría esperar para su época”.

Por su parte, el Homo Heidelbergensis poseía una dieta que combinaba vegetales, frutos y semillas con carne obtenida mediante la caza y el carroñeo y al igual que los homínidos de Dolina, sólo realizaba en piedra sus instrumentos. Al parecer, no conocían el fuego. Aunque tenían una altura similar a la del hombre actual, tenían una corpulencia un tercio superior a la nuestra, pesando una media de 100 kilos (sólo contando osamenta y masa muscular, sin depósitos de grasa). La denominada “pelvis de Elvis”, la cadera descubierta en 1994, ha permitido saber que, a pesar de pertenecer a un varón, la cabeza de un feto actual pasaría sin problemas por el canal del parto de esta pelvis, lo que hace suponer que las hembras del Homo Heidelbergensis parían con menos dolor que las mujeres de hoy, dado también el menor tamaño de su cerebro.

En cuanto a los Neardentales, su nombre se debe al esqueleto encontrado en 1856 en el Valle alemán de Neander, cerca de Düsseldorf, aunque en 1848 ya había aparecido un cráneo en Gibraltar. Los restos fueron polémicos más tarde, cuando Darwin analizó el origen del hombre y algunos los consideraron antepasados directos. Hoy se sabe que en vez de “abuelos” serían más bien “primos” nuestros, separados desde hace 800.000 años. Los Neandertales no eran muy diferentes de nosotros: inteligentes (su volumen craneal medio es incluso mayor que el actual), tenían sofisticadas técnicas de talla, conocían el fuego y enterraban a sus muertos. Su esqueleto era similar al nuestro, aunque eran mucho más fuertes y no eran patizambos como se los representaba antes. Las diferencias se concentran en el cráneo: nariz muy ancha, no tenían mentón y su perfil de la bóveda visto desde atrás es redondeado.

Por otra parte, aunque los trabajos del yacimiento de Galería están finalizados, los de la Dolina llevarán decenios. Y en la Sima de los Huesos no se conoce la extensión del depósito de fósiles, aunque todo indica que es enorme. Sólo entre estos dos lugares, decenas de arqueólogos y paleoantropólogos tienen trabajo asegurado para los próximos años. En la Trinchera del Ferrocarril, cerca de Galería y Dolina, hay un relleno de 15 metros repleto de restos de fauna con algunas piezas de industria lítica, conocido como Sima del Elefante. Las dataciones de varias costras que asoman en el corte y la fauna recuperada indican que los niveles bajos son muy antiguos, tal vez más que los de Dolina. Y sin salir de la Trinchera, se cree que algunas pequeñas cavidades laterales, como la Cueva Peluda o la Cueva de los Zarpazos, puedan ofrecer datos importantes.

Por si esto fuera poco, aún quedan más cuevas en las cercanías. Los yacimientos excavados están todos en el flanco suroeste de la Sierra, pero hay otra serie de cuevas orientadas hacia la Sierra de la Demanda, “que son extremadamente prometedoras”, según los investigadores. Una de las más importantes es la Cueva del Mirador, así llamada porque domina el punto más estrecho del Valle, entre la Sierra y los Páramos, al Sur. El Mirador es hoy apenas una pequeña sala, pero podría contener hasta 30 metros de sedimentos ricos en restos. Quizá sea en el Mirador donde se oculten los grandes desconocidos de Atapuerca: los Neandertales, que todavía no han sido hallados en las excavaciones.